Vrhunske moderne računalne aplikacije i oprema od izuzetne su važnosti za svakodnevno poslovanje Centra. Odjel za informatiku sastoji se od tri odsjeka: Odsjeka za tehničku podršku, Odsjeka za informatičku infrastrukturu i Odsjeka za razvoj.
Odsjek za razvoj
Odsjek za razvoj projektira, izrađuje i održava informatičke aplikacije i baze podataka koji su Centru potrebni za rad.
Također upravlja informatičkim rješenjima i uslugama drugih koje isporučuju vanjski pružatelji usluga, npr. druge institucije ili privatne tvrtke, te pridonosi njihovom istraživanju, integriranju i provedbi u informatičkom okruženju Centra.
Odsjek za tehničku podršku
Odsjek za tehničku podršku jedinstveno je mjesto za kontakt kako unutarnjih, tako i vanjskih korisnika koji imaju poteškoće u radu ili podnose zahtjeve za informacije iz raznih područja IT-a: hardver, softver, telekomunikacije i infrastruktura. Služba isporučuje sva osobna hardverska, softverska i poslovna rješenja radi osiguranja dosljedne i jake informatičke strukture na svakoj radnoj stanici.
Odsjek za informatičku infrastrukturu
Odsjek za informatičku infrastrukturu isporučuje i održava centraliziranu informatičku infrastrukturu koja Centru omogućava ispunjavanje njegovih ciljeva te osigurava otpornost infrastrukture kroz plan kontinuiranog poslovanja i oporavka poslovanja. Također je zadužen za nadzor raspoloživosti i sigurnosti podataka koji se odnose na Centar te podataka dobivenih od klijenata i partnera. Ujedno upravlja podatkovnim centrima i uslugama u oblaku koji osiguravaju kapacitete za pohranu i obradu podataka potrebnih Centru u njegovu svakodnevnom radu. Ovaj Odsjek obavlja sve svoje aktivnosti u bliskoj suradnji sa službenikom za zaštitu podataka, službenikom za sigurnost i lokalnim službenikom za informatičku sigurnost.