Výbor zaměstnanců je statutárním výborem, který zastupuje zájmy zaměstnanců střediska ve vztahu k vedení a zajišťuje průběžný kontakt mezi vedením a zaměstnanci.

Umožňuje zaměstnancům vyjadřovat jejich názory, čímž přispívá k plynulému fungování střediska. Vyvíjí činnost na obecné úrovni, a sice ochranou zájmů zaměstnanců jako celku, i na úrovni jednotlivců, a to poskytováním pomoci jednotlivým zaměstnancům, kteří se ve své každodenní práci setkají s problémy. Členy výboru volí zaměstnanci na tříleté funkční období. Výbor zaměstnanců se skládá z pěti členů a pěti náhradníků. Jeho hlavními povinnostmi jsou:

• vydávání stanovisek ke správním záležitostem a záležitostem týkajícím se zaměstnanců (obecná prováděcí ustanovení, plán personální politiky atd.),
• jmenování zástupců do výběrových řízení na nové zaměstnance,
• předkládání návrhů týkajících se organizace a fungování střediska i zlepšování pracovních podmínek nebo obecných životních podmínek zaměstnanců,
• aktivní zapojení do diskuzí týkajících se personální politiky obecně, a to prostřednictvím shromáždění výborů zaměstnanců agentur (AASC),
• účast na činnosti orgánů sociální péče, které středisko zřídilo pro své zaměstnance, například Interinstitucionálního výboru pro společenské aktivity.